En el español de la Edad Media, la equis representó el sonido fricativo post-alveolar sordo [ʃ] que podemos ver en palabras como , que evolucionó a ‘jefe’, e , que ahora escribimos con jota, ojalá; también aparece al inicio del nombre Xavier // y en , ‘decimos’. En todos estos casos representó un sonido más parecido al dígrafo ch que tenemos actualmente en el español, pero no representó la secuencia /ks/. El español medieval tenía otros sonidos sibilantes como el fricativo postalveolar sonoro [ʒ] que se representó por las letras j y g (antes de e o i), por ejemplo: çiego, cuya pronunciación fue /tsieʒo/, mugier /muʒjer/ ‘mujer’ y vegada /veʒada/ ‘vez’. Esta secuencia de sonidos, tanto el fricativo postalveolar sordo [ʃ] como el fricativo postalveolar sonoro [ʒ], estaban en proceso de cambio en el medievo (Álvarez, 2020).

Como parte de los sonidos sibilantes, el español medieval también tenía la secuencia /dz/ representada por la letra , la secuencia /ts/ que se representaba con la ç (o c), así como los sonidos [s] y [z]. Todos estos se derivaron en el fonema /s/ del español actual y estaban en proceso de cambio debido al proceso natural de las lenguas por elidir o modificar segmentos.

Con la llegada del español a Mesoamérica, las lenguas indígenas como el náhuatl, el zapoteco y el mixteco se representaron con el alfabeto del español. Como era de esperar, los sonidos en estas lenguas no se correspondían con este alfabeto. Justamente, la escritura de las lenguas indígenas de Mesoamérica se basó en el alfabeto castellano del siglo XVI, cuando la letra equis representaba el sonido fricativo postalveolar sordo [ʃ] que notamos en náhuatl clásico al inicio de /ʃoʃitɬ/ ‘flor’ (Sullivan, 2014, p. 20). Este fonema siguió su evolución normal en español cambiando al fricativo velar sordo [] que tenemos en algunos términos prestados del náhuatl como /ʃikalli/ que evolucionó a jícara [‘] y que cambió a ejote
[]. Además, tenemos algunos topónimos como Xochitlán, que ahora es Juchitán; Xalixco, que ahora es Jalisco; Cuauhximalpa, Cuajimalpa, y desde luego el nombre de México (Alcoba, 2007).

Lienzo de Tlaxcala, Lienzo de No. 3, 1773

Muchas palabras que se escriben con equis y se pronuncian como /ks/ son latinismos. Aquellas voces que se escriben con equis y suenan como la jota mantienen una forma arcaica más apegada al español colonial, pero evolucionaron fonéticamente. Por último, aquellos términos que se escriben con equis y que suenan como /ʃ/ son préstamos que el español tomó del náhuatl clásico entre los siglos XV y XVI, tales como mexica /meʃika/, mixiote /miʃiote/ y el nombre del dios ['ʃolotɬ], aunque mantuvieron el sonido del náhuatl, seguramente resguardados por la fonética de alguna variante de esta lengua indígena o por la escritura.♦